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Copy number variants (CNV) are established risk factors for neurodevelopmental disorders with seizures or epilepsy. With the hypothesis that seizure disorders share genetic risk factors, we pooled CNV data from 10,590 individuals with seizure disorders, 16,109 individuals with clinically validated epilepsy, and 492,324 population controls and identified 25 genome-wide significant loci, 22 of which are novel for seizure disorders, such as deletions at 1p36.33, 1q44, 2p21-p16.3, 3q29, 8p23.3-p23.2, 9p24.3, 10q26.3, 15q11.2, 15q12-q13.1, 16p12.2, 17q21.31, duplications at 2q13, 9q34.3, 16p13.3, 17q12, 19p13.3, 20q13.33, and reciprocal CNVs at 16p11.2, and 22q11.21. Using genetic data from additional 248,751 individuals with 23 neuropsychiatric phenotypes, we explored the pleiotropy of these 25 loci. Finally, in a subset of individuals with epilepsy and detailed clinical data available, we performed phenome-wide association analyses between individual CNVs and clinical annotations categorized through the Human Phenotype Ontology (HPO). For six CNVs, we identified 19 significant associations with specific HPO terms and generated, for all CNVs, phenotype signatures across 17 clinical categories relevant for epileptologists. This is the most comprehensive investigation of CNVs in epilepsy and related seizure disorders, with potential implications for clinical practice.
Genome-wide identification and phenotypic characterization of seizure-associated copy number variations in 741,075 individuals
Montanucci L.;Lewis-Smith D.;Collins R. L.;Niestroj L. -M.;Parthasarathy S.;Xian J.;Ganesan S.;Macnee M.;Brunger T.;Thomas R. H.;Talkowski M.;Motelow J. E.;Povysil G.;Dhindsa R. S.;Stanley K. E.;Allen A. S.;Goldstein D. B.;Feng Y. -C. A.;Howrigan D. P.;Abbott L. E.;Tashman K.;Cerrato F.;Cusick C.;Singh T.;Heyne H.;Byrnes A. E.;Churchhouse C.;Watts N.;Solomonson M.;Lal D.;Gupta N.;Neale B. M.;Berkovic S. F.;Lerche H.;Lowenstein D. H.;Cavalleri G. L.;Cossette P.;Cotsapas C.;De Jonghe P.;Dixon-Salazar T.;Guerrini R.;Hakonarson H.;Heinzen E. L.;Helbig I.;Kwan P.;Marson A. G.;Petrovski S.;Kamalakaran S.;Sisodiya S. M.;Stewart R.;Weckhuysen S.;Depondt C.;Dlugos D. J.;Scheffer I. E.;Striano P.;Freyer C.;Krause R.;May P.;McKenna K.;Regan B. M.;Bennett C. A.;Leech S. L.;Leu C.;Lewis-Smith D.;O'Brien T. J.;Todaro M.;Stamberger H.;Depondti C.;Andrade D. M.;Ali Q. Z.;Sadoway T. R.;Krestel H.;Schaller A.;Papacostas S. S.;Kousiappa I.;Tanteles G. A.;Yiolanda C.;Sterbova K.;Vlckova M.;Sedlackova L.;Lassuthova P.;Klein K. M.;Rosenow F.;Reif P. S.;Knake S.;Neubauer B. A.;Zimprich F.;Feucht M.;Reinthaler E.;Kunz W. S.;Zsurka G.;Surges R.;Baumgartner T. H.;von Wrede R.;Helbig I.;Pendziwiat M.;Muhle H.;Rademacher A.;van Baalen A.;von Spiczak S.;Stephani U.;Afawi Z.;Korczyn A. D.;Kanaan M.;Canavati C.;Kurlemann G.;Muller-Schluter K.;Kluger G.;Hausler M.;Blatt I.;Lemke J. R.;Krey I.;Weber Y. G.;Wolking S.;Becker F.;Lauxmann S.;Bosselmann C.;Kegele J.;Hengsbach C.;Rau S.;Steinhoff B. J.;Schulze-Bonhage A.;Borggrafe I.;Schankin C. J.;Schubert-Bast S.;Schreiber H.;Mayer T.;Korinthenberg R.;Brockmann K.;Wolff M.;Kurlemann G.;Dennig D.;Madeleyn R.;Kalviainen R.;Saarela A.;Timonen O.;Linnankivi T.;Lehesjoki A. -E.;Rheims S.;Lesca G.;Ryvlin P.;Maillard L.;Valton L.;Derambure P.;Bartolomei F.;Hirsch E.;Michel V.;Chassoux F.;Rees M. I.;Chung S. -K.;Pickrell W. O.;Powell R. H. W.;Baker M. D.;Fonferko-Shadrach B.;Lawthom C.;Anderson J.;Schneider N.;Balestrini S.;Zagaglia S.;Braatz V.;Johnson M. R.;Auce P.;Sills G. J.;Kwan P.;Baum L. W.;Sham P. C.;Cherny S. S.;Lui C. H. T.;Delanty N.;Doherty C. P.;Shukralla A.;El-Naggar H.;Widdess-Walsh P.;Barisic N.;Canafoglia L.;Franceschetti S.;Castellotti B.;Granata T.;Ragona F.;Zara F.;Iacomino M.;Riva A.;Madia F.;Vari M. S.;Salpietro V.;Scala M.;Mancardi M. M.;Lino N.;Amadori E.;Giacomini T.;Bisulli F.;Pippucci T.;Licchetta L.;Minardi R.;Tinuper P.;Muccioli L.;Mostacci B.;Gambardella A.;Labate A.;Annesi G.;Manna L.;Gagliardi M.;Parrini E.;Mei D.;Vetro A.;Bianchini C.;Montomoli M.;Doccini V.;Barba C.;Hirose S.;Ishii A.;Suzuki T.;Inoue Y.;Yamakawa K.;Beydoun A.;Nasreddine W.;Khoueiry-Zgheib N.;Tumiene B.;Utkus A.;Sadleir L. G.;King C.;Caglayan S. H.;Arslan M.;Yapici Z.;Topaloglu P.;Kara B.;Yis U.;Turkdogan D.;Gundogdu-Eken A.;Bebek N.;Ugur-Iseri S.;Baykan B.;Salman B.;Haryanyan G.;Yucesan E.;Kesim Y.;Ozkara C.;Tsai M. -H.;Ho C. -J.;Lin C. -H.;Lin K. -L.;Chou I. -J.;Poduri A.;Shiedley B. R.;Shain C.;Noebels J. L.;Goldman A.;Busch R. M.;Jehi L.;Najm I. M.;Lal D.;Ferguson L.;Khoury J.;Glauser T. A.;Clark P. O.;Buono R. J.;Ferraro T. N.;Sperling M. R.;Dlugos D. J.;Lo W.;Privitera M.;French J. A.;Schachter S.;Kuzniecky R. I.;Devinsky O.;Hegde M.;Greenberg D. A.;Ellis C. A.;Goldberg E.;Helbig K. L.;Cosico M.;Vaidiswaran P.;Fitch E.;Newton C. R. J. C.;Kariuki S. M.;Wagner R. G.;Owusu-Agyei S.;Cole A. J.;McGraw C. M.;Siena S. A.;Davis L.;Hucks D.;Faucon A.;Wu D.;Abou-Khalil B. W.;Haas K.;Taneja R. S.;Helbig I.;Leu C.;Lal D.
2023-01-01
Abstract
Copy number variants (CNV) are established risk factors for neurodevelopmental disorders with seizures or epilepsy. With the hypothesis that seizure disorders share genetic risk factors, we pooled CNV data from 10,590 individuals with seizure disorders, 16,109 individuals with clinically validated epilepsy, and 492,324 population controls and identified 25 genome-wide significant loci, 22 of which are novel for seizure disorders, such as deletions at 1p36.33, 1q44, 2p21-p16.3, 3q29, 8p23.3-p23.2, 9p24.3, 10q26.3, 15q11.2, 15q12-q13.1, 16p12.2, 17q21.31, duplications at 2q13, 9q34.3, 16p13.3, 17q12, 19p13.3, 20q13.33, and reciprocal CNVs at 16p11.2, and 22q11.21. Using genetic data from additional 248,751 individuals with 23 neuropsychiatric phenotypes, we explored the pleiotropy of these 25 loci. Finally, in a subset of individuals with epilepsy and detailed clinical data available, we performed phenome-wide association analyses between individual CNVs and clinical annotations categorized through the Human Phenotype Ontology (HPO). For six CNVs, we identified 19 significant associations with specific HPO terms and generated, for all CNVs, phenotype signatures across 17 clinical categories relevant for epileptologists. This is the most comprehensive investigation of CNVs in epilepsy and related seizure disorders, with potential implications for clinical practice.
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11567/1142156
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
