COVID-19 disease related to SARS-CoV-2 infection causes respiratory symptoms ranging from asymptomatic forms to fatal pneumonia. The lack of specific therapies capable of stopping viral replication aroused great concern, especially due to the high percentage of critically ill patients. Several factors, both geographical and socio-economic, condition mortality rates in different countries, but the most relevant is the infection rate, which reflects in the estimate of the ratio between deceased patients and cases of confirmed infection. Currently the most reliable method for diagnosis is (rt)-Real Time PCR molecular analysis of viral RNA on respiratory tract tissue samples taken with a nasopharyngeal swab, although the accuracy of the test is variable depending on the sampling site (nasal or pharyngeal). In this study we considered people who died in two major hospitals in the Liguria region during the first wave of the sars-cov 2 pandemic, comparing the certified causes of death with the diagnostic results obtained through the molecular diagnosis using nasopharyngeal swabs. The aim is to develop a valid tool useful for assessing the actual impact of the pandemic on the overall mortality rate. Data showed a good match between the diagnoses of death with COVID-19 and the finding of at least one positive swab (89.68%), although in 45 cases (10.32%) the clinical diagnosis is not associated with any molecular confirmation. The analysis revealed an increase in the mortality rate (60.3%), although infection is reported as a cause of death only in 41.3%. The study confirms limitations of the diagnostic test and the negative repercussions for the mortality rate estimation. All this increases the uncertainty about the real impact of the pandemic.

L’infezione da SARS-CoV-2 determina una malattia (COVID-19) che si manifesta dal punto di vista clinico con sintomatologia respiratoria estremamente variabile in termini di gravità. L’assenza di una terapia specifica in grado di arrestare la replicazione virale ha destato fin da subito grande preoccupazione, soprattutto in relazione all’elevata percentuale di pazienti critici deceduti. I tassi di mortalità descritti nei vari paesi sono estremamente variegati, a causa di diversi fattori, sia geografici che socio-economici, ma soprattutto per l’estrema variabilità con cui viene posta la diagnosi di infezione. Tale elemento si riflette direttamente sulla stima del rapporto tra soggetti deceduti e casi di infezione accertata. Attualmente il metodo più affidabile per la diagnosi è l’analisi molecolare dell’RNA virale mediante (rt)-Real Time PCR su campioni di tessuto dalle vie respiratorie prelevati con un tampone naso-faringeo, anche se i dati sull’accuratezza del test sono variabili a seconda del sito di prelievo (nasale o faringeo). Lo scopo di questo studio è analizzare i decessi verificatisi in due delle maggiori realtà ospedaliere della regione Liguria, nel corso della prima ondata pandemica, ponendo a confronto le cause di morte certificate con i risultati diagnostici ottenuti attraverso la diagnosi molecolare sui prelievi effettuati mediante i tamponi naso-faringei, al fine di elaborare un valido strumento utile per la valutazione dell’effettiva incidenza della pandemia sul tasso di mortalità complessivo. I risultati ottenuti evidenziano una buona concordanza tra le diagnosi di morte con COVID-19 e il riscontro di almeno un tampone positivo (89.68%), nonostante in 45 casi (10.32%) la diagnosi clinica non risulti associata ad alcuna conferma molecolare. Dall’analisi è emerso un aumento effettivo del tasso di mortalità, al punto che, confrontando anche solo il numero assoluto di decessi con quello dell’anno precedente nello stesso periodo (1058 contro 660), risulta un aumento del 60,3%, a fronte di un’infezione SARS-CoV-2 riconosciuta tra le cause del decesso solo nel 41,3% dei casi. Lo studio evidenzia i limiti intrinseci della procedura e i riflessi negativi sui metodi di calcolo del tasso di mortalità, aspetto che alimenta le incertezze sulla reale incidenza della pandemia.

Impatto del COVID-19 sui decessi ospedalieri. Analisi della casistica in relazione alla diagnosi molecolare di infezione da SARS-CoV-2

VALLEGA BERNUCCI DU TREMOUL, LUCA
2021-05-12

Abstract

COVID-19 disease related to SARS-CoV-2 infection causes respiratory symptoms ranging from asymptomatic forms to fatal pneumonia. The lack of specific therapies capable of stopping viral replication aroused great concern, especially due to the high percentage of critically ill patients. Several factors, both geographical and socio-economic, condition mortality rates in different countries, but the most relevant is the infection rate, which reflects in the estimate of the ratio between deceased patients and cases of confirmed infection. Currently the most reliable method for diagnosis is (rt)-Real Time PCR molecular analysis of viral RNA on respiratory tract tissue samples taken with a nasopharyngeal swab, although the accuracy of the test is variable depending on the sampling site (nasal or pharyngeal). In this study we considered people who died in two major hospitals in the Liguria region during the first wave of the sars-cov 2 pandemic, comparing the certified causes of death with the diagnostic results obtained through the molecular diagnosis using nasopharyngeal swabs. The aim is to develop a valid tool useful for assessing the actual impact of the pandemic on the overall mortality rate. Data showed a good match between the diagnoses of death with COVID-19 and the finding of at least one positive swab (89.68%), although in 45 cases (10.32%) the clinical diagnosis is not associated with any molecular confirmation. The analysis revealed an increase in the mortality rate (60.3%), although infection is reported as a cause of death only in 41.3%. The study confirms limitations of the diagnostic test and the negative repercussions for the mortality rate estimation. All this increases the uncertainty about the real impact of the pandemic.
12-mag-2021
L’infezione da SARS-CoV-2 determina una malattia (COVID-19) che si manifesta dal punto di vista clinico con sintomatologia respiratoria estremamente variabile in termini di gravità. L’assenza di una terapia specifica in grado di arrestare la replicazione virale ha destato fin da subito grande preoccupazione, soprattutto in relazione all’elevata percentuale di pazienti critici deceduti. I tassi di mortalità descritti nei vari paesi sono estremamente variegati, a causa di diversi fattori, sia geografici che socio-economici, ma soprattutto per l’estrema variabilità con cui viene posta la diagnosi di infezione. Tale elemento si riflette direttamente sulla stima del rapporto tra soggetti deceduti e casi di infezione accertata. Attualmente il metodo più affidabile per la diagnosi è l’analisi molecolare dell’RNA virale mediante (rt)-Real Time PCR su campioni di tessuto dalle vie respiratorie prelevati con un tampone naso-faringeo, anche se i dati sull’accuratezza del test sono variabili a seconda del sito di prelievo (nasale o faringeo). Lo scopo di questo studio è analizzare i decessi verificatisi in due delle maggiori realtà ospedaliere della regione Liguria, nel corso della prima ondata pandemica, ponendo a confronto le cause di morte certificate con i risultati diagnostici ottenuti attraverso la diagnosi molecolare sui prelievi effettuati mediante i tamponi naso-faringei, al fine di elaborare un valido strumento utile per la valutazione dell’effettiva incidenza della pandemia sul tasso di mortalità complessivo. I risultati ottenuti evidenziano una buona concordanza tra le diagnosi di morte con COVID-19 e il riscontro di almeno un tampone positivo (89.68%), nonostante in 45 casi (10.32%) la diagnosi clinica non risulti associata ad alcuna conferma molecolare. Dall’analisi è emerso un aumento effettivo del tasso di mortalità, al punto che, confrontando anche solo il numero assoluto di decessi con quello dell’anno precedente nello stesso periodo (1058 contro 660), risulta un aumento del 60,3%, a fronte di un’infezione SARS-CoV-2 riconosciuta tra le cause del decesso solo nel 41,3% dei casi. Lo studio evidenzia i limiti intrinseci della procedura e i riflessi negativi sui metodi di calcolo del tasso di mortalità, aspetto che alimenta le incertezze sulla reale incidenza della pandemia.
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Descrizione: tesi di dottorato
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